diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index a6196225b..70b6e2e82 100755 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -31,7 +31,7 @@ Imports: dplyr (>= 1.1.0), dunlin (>= 0.1.8), forcats (>= 1.0.0), - formatters (>= 0.5.9), + formatters (>= 0.5.9.9007), ggplot2 (>= 3.4.0), glue (>= 1.0.0), grid, @@ -42,7 +42,7 @@ Imports: nestcolor (>= 0.1.1), purrr (>= 0.3.0), rlang (>= 1.0.0), - rlistings (>= 0.2.9), + rlistings (>= 0.2.9.9010), rtables (>= 0.6.10), stringr (>= 1.4.1), tern (>= 0.9.6.9010), diff --git a/tests/testthat/_snaps/ael02.md b/tests/testthat/_snaps/ael02.md index 6a0371fe2..ef7ed9ce5 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/ael02.md +++ b/tests/testthat/_snaps/ael02.md @@ -57,60 +57,6 @@ 6 2 6 - \s\nACTARM: C: Combination - - ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— - Date of - Adverse First Study Study AE - Event MedDRA Drug Day of Duration - Center/Patients ID Age/Sex/Race Preferred Term Administration Onset in Days - ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— - BRA-11/9 40/M/ASIAN dcd D.1.1.4.2 25MAR2019 342 700 - dcd B.2.2.3.1 25MAR2019 441 53 - dcd D.1.1.1.1 25MAR2019 445 598 - dcd B.1.1.1.1 25MAR2019 644 42 - dcd B.2.2.3.1 25MAR2019 669 100 - dcd C.2.1.2.1 25MAR2019 744 185 - dcd C.2.1.2.1 25MAR2019 808 166 - dcd B.2.1.2.1 25MAR2019 970 15 - CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN dcd B.2.1.2.1 28APR2019 31 678 - dcd D.1.1.1.1 28APR2019 92 254 - \s\nACTARM: C: Combination - - ——————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— - - Most Caused by - Extreme Study Outcome Treatment - Center/Patients ID Age/Sex/Race Serious Intensity Drug (1) for AE - ——————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— - BRA-11/9 40/M/ASIAN No MODERATE No 2 No - Yes MILD No 5 No - Yes SEVERE Yes 1 No - Yes SEVERE Yes 1 No - Yes MILD No 5 Yes - No MODERATE Yes 4 No - No MODERATE Yes 3 No - No MODERATE No 3 No - CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN No MODERATE No 6 No - Yes SEVERE Yes 1 No - \s\nACTARM: C: Combination - - ———————————————————————————————————————————————————————————— - - Action - Taken - Center/Patients ID Age/Sex/Race (2) - ———————————————————————————————————————————————————————————— - BRA-11/9 40/M/ASIAN 3 - 2 - 6 - 6 - 2 - 3 - 6 - 2 - CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN 1 - 6 \s\nACTARM: B: Placebo ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— @@ -165,6 +111,60 @@ 2 CHN-1/227 26/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN 7 2 + \s\nACTARM: C: Combination + + ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— + Date of + Adverse First Study Study AE + Event MedDRA Drug Day of Duration + Center/Patients ID Age/Sex/Race Preferred Term Administration Onset in Days + ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— + BRA-11/9 40/M/ASIAN dcd D.1.1.4.2 25MAR2019 342 700 + dcd B.2.2.3.1 25MAR2019 441 53 + dcd D.1.1.1.1 25MAR2019 445 598 + dcd B.1.1.1.1 25MAR2019 644 42 + dcd B.2.2.3.1 25MAR2019 669 100 + dcd C.2.1.2.1 25MAR2019 744 185 + dcd C.2.1.2.1 25MAR2019 808 166 + dcd B.2.1.2.1 25MAR2019 970 15 + CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN dcd B.2.1.2.1 28APR2019 31 678 + dcd D.1.1.1.1 28APR2019 92 254 + \s\nACTARM: C: Combination + + ——————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— + + Most Caused by + Extreme Study Outcome Treatment + Center/Patients ID Age/Sex/Race Serious Intensity Drug (1) for AE + ——————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— + BRA-11/9 40/M/ASIAN No MODERATE No 2 No + Yes MILD No 5 No + Yes SEVERE Yes 1 No + Yes SEVERE Yes 1 No + Yes MILD No 5 Yes + No MODERATE Yes 4 No + No MODERATE Yes 3 No + No MODERATE No 3 No + CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN No MODERATE No 6 No + Yes SEVERE Yes 1 No + \s\nACTARM: C: Combination + + ———————————————————————————————————————————————————————————— + + Action + Taken + Center/Patients ID Age/Sex/Race (2) + ———————————————————————————————————————————————————————————— + BRA-11/9 40/M/ASIAN 3 + 2 + 6 + 6 + 2 + 3 + 6 + 2 + CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN 1 + 6 # ael02 can handle all missing values @@ -405,60 +405,6 @@ 6 2 6 - \s\nACTARM: C: Combination - - ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— - Date of - Adverse First Study Study AE - Event MedDRA Drug Day of Duration - Center/Patients ID Age/Sex/Race Preferred Term Administration Onset in Days - ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— - BRA-11/9 40/M/ASIAN dcd D.1.1.4.2 25MAR2019 342 700 - dcd B.2.2.3.1 25MAR2019 441 53 - dcd D.1.1.1.1 25MAR2019 445 598 - dcd B.1.1.1.1 25MAR2019 644 42 - dcd B.2.2.3.1 25MAR2019 669 100 - dcd C.2.1.2.1 25MAR2019 744 185 - dcd C.2.1.2.1 25MAR2019 808 166 - dcd B.2.1.2.1 25MAR2019 970 15 - CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN dcd B.2.1.2.1 28APR2019 31 678 - dcd D.1.1.1.1 28APR2019 92 254 - \s\nACTARM: C: Combination - - ——————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— - - Most Caused by - Extreme Study Outcome Treatment - Center/Patients ID Age/Sex/Race Serious Intensity Drug (1) for AE - ——————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— - BRA-11/9 40/M/ASIAN No MODERATE No 2 No - Yes MILD No 5 No - Yes SEVERE Yes 1 No - Yes SEVERE Yes 1 No - Yes MILD No 5 Yes - No MODERATE Yes 4 No - No MODERATE Yes 3 No - No MODERATE No 3 No - CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN No MODERATE No 6 No - Yes SEVERE Yes 1 No - \s\nACTARM: C: Combination - - ———————————————————————————————————————————————————————————— - - Action - Taken - Center/Patients ID Age/Sex/Race (2) - ———————————————————————————————————————————————————————————— - BRA-11/9 40/M/ASIAN 3 - 2 - 6 - 6 - 2 - 3 - 6 - 2 - CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN 1 - 6 \s\nACTARM: B: Placebo ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— @@ -513,4 +459,58 @@ 2 CHN-1/227 26/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN 7 2 + \s\nACTARM: C: Combination + + ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— + Date of + Adverse First Study Study AE + Event MedDRA Drug Day of Duration + Center/Patients ID Age/Sex/Race Preferred Term Administration Onset in Days + ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— + BRA-11/9 40/M/ASIAN dcd D.1.1.4.2 25MAR2019 342 700 + dcd B.2.2.3.1 25MAR2019 441 53 + dcd D.1.1.1.1 25MAR2019 445 598 + dcd B.1.1.1.1 25MAR2019 644 42 + dcd B.2.2.3.1 25MAR2019 669 100 + dcd C.2.1.2.1 25MAR2019 744 185 + dcd C.2.1.2.1 25MAR2019 808 166 + dcd B.2.1.2.1 25MAR2019 970 15 + CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN dcd B.2.1.2.1 28APR2019 31 678 + dcd D.1.1.1.1 28APR2019 92 254 + \s\nACTARM: C: Combination + + ——————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— + + Most Caused by + Extreme Study Outcome Treatment + Center/Patients ID Age/Sex/Race Serious Intensity Drug (1) for AE + ——————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— + BRA-11/9 40/M/ASIAN No MODERATE No 2 No + Yes MILD No 5 No + Yes SEVERE Yes 1 No + Yes SEVERE Yes 1 No + Yes MILD No 5 Yes + No MODERATE Yes 4 No + No MODERATE Yes 3 No + No MODERATE No 3 No + CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN No MODERATE No 6 No + Yes SEVERE Yes 1 No + \s\nACTARM: C: Combination + + ———————————————————————————————————————————————————————————— + + Action + Taken + Center/Patients ID Age/Sex/Race (2) + ———————————————————————————————————————————————————————————— + BRA-11/9 40/M/ASIAN 3 + 2 + 6 + 6 + 2 + 3 + 6 + 2 + CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN 1 + 6 diff --git a/tests/testthat/_snaps/ael03.md b/tests/testthat/_snaps/ael03.md index bae0b05f2..adf65a8bb 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/ael03.md +++ b/tests/testthat/_snaps/ael03.md @@ -57,60 +57,6 @@ 6 CHN-2/395 28/M/BLACK OR AFRICAN AMERICAN 1 CHN-4/73 24/F/ASIAN 6 - \s\nACTARM: C: Combination - - ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— - Date of - Adverse First Study Study AE - Event MedDRA Drug Day of Duration - Center/Patients ID Age/Sex/Race Preferred Term Administration Onset in Days - ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— - BRA-11/9 40/M/ASIAN dcd B.2.2.3.1 25MAR2019 441 53 - dcd D.1.1.1.1 25MAR2019 445 598 - dcd B.1.1.1.1 25MAR2019 644 42 - dcd B.2.2.3.1 25MAR2019 669 100 - CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN dcd D.1.1.1.1 28APR2019 92 254 - dcd A.1.1.1.2 28APR2019 449 516 - dcd A.1.1.1.2 28APR2019 593 51 - dcd D.1.1.1.1 28APR2019 671 32 - dcd D.1.1.1.1 28APR2019 937 36 - CHN-15/262 35/M/BLACK OR AFRICAN AMERICAN dcd B.1.1.1.1 26FEB2019 124 456 - \s\nACTARM: C: Combination - - —————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— - - Most Caused by Action - Extreme Study Outcome Treatment Taken - Center/Patients ID Age/Sex/Race Intensity Drug (1) for AE (2) - —————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— - BRA-11/9 40/M/ASIAN MILD No 5 No 2 - SEVERE Yes 1 No 6 - SEVERE Yes 1 No 6 - MILD No 5 Yes 2 - CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN SEVERE Yes 1 No 6 - MODERATE No 5 Yes 3 - MODERATE No 5 Yes 3 - SEVERE Yes 1 No 6 - SEVERE Yes 1 No 6 - CHN-15/262 35/M/BLACK OR AFRICAN AMERICAN SEVERE Yes 1 No 6 - \s\nACTARM: C: Combination - - ———————————————————————————————————————————————————————————————— - Reason - Classified - as Serious - Center/Patients ID Age/Sex/Race (3) - ———————————————————————————————————————————————————————————————— - BRA-11/9 40/M/ASIAN 3 - 1 - 1 - 3 - CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN 1 - 6 - 3 - 1 - 1 - CHN-15/262 35/M/BLACK OR AFRICAN AMERICAN 1 \s\nACTARM: B: Placebo ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— @@ -165,6 +111,60 @@ CHN-11/220 26/F/ASIAN 1 1 CHN-11/38 25/F/WHITE 5 + \s\nACTARM: C: Combination + + ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— + Date of + Adverse First Study Study AE + Event MedDRA Drug Day of Duration + Center/Patients ID Age/Sex/Race Preferred Term Administration Onset in Days + ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— + BRA-11/9 40/M/ASIAN dcd B.2.2.3.1 25MAR2019 441 53 + dcd D.1.1.1.1 25MAR2019 445 598 + dcd B.1.1.1.1 25MAR2019 644 42 + dcd B.2.2.3.1 25MAR2019 669 100 + CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN dcd D.1.1.1.1 28APR2019 92 254 + dcd A.1.1.1.2 28APR2019 449 516 + dcd A.1.1.1.2 28APR2019 593 51 + dcd D.1.1.1.1 28APR2019 671 32 + dcd D.1.1.1.1 28APR2019 937 36 + CHN-15/262 35/M/BLACK OR AFRICAN AMERICAN dcd B.1.1.1.1 26FEB2019 124 456 + \s\nACTARM: C: Combination + + —————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— + + Most Caused by Action + Extreme Study Outcome Treatment Taken + Center/Patients ID Age/Sex/Race Intensity Drug (1) for AE (2) + —————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— + BRA-11/9 40/M/ASIAN MILD No 5 No 2 + SEVERE Yes 1 No 6 + SEVERE Yes 1 No 6 + MILD No 5 Yes 2 + CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN SEVERE Yes 1 No 6 + MODERATE No 5 Yes 3 + MODERATE No 5 Yes 3 + SEVERE Yes 1 No 6 + SEVERE Yes 1 No 6 + CHN-15/262 35/M/BLACK OR AFRICAN AMERICAN SEVERE Yes 1 No 6 + \s\nACTARM: C: Combination + + ———————————————————————————————————————————————————————————————— + Reason + Classified + as Serious + Center/Patients ID Age/Sex/Race (3) + ———————————————————————————————————————————————————————————————— + BRA-11/9 40/M/ASIAN 3 + 1 + 1 + 3 + CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN 1 + 6 + 3 + 1 + 1 + CHN-15/262 35/M/BLACK OR AFRICAN AMERICAN 1 # ael03 can handle all missing values @@ -405,60 +405,6 @@ 6 CHN-2/395 28/M/BLACK OR AFRICAN AMERICAN 1 CHN-4/73 24/F/ASIAN 6 - \s\nACTARM: C: Combination - - ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— - Date of - Adverse First Study Study AE - Event MedDRA Drug Day of Duration - Center/Patients ID Age/Sex/Race Preferred Term Administration Onset in Days - ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— - BRA-11/9 40/M/ASIAN dcd B.2.2.3.1 25MAR2019 441 53 - dcd D.1.1.1.1 25MAR2019 445 598 - dcd B.1.1.1.1 25MAR2019 644 42 - dcd B.2.2.3.1 25MAR2019 669 100 - CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN dcd D.1.1.1.1 28APR2019 92 254 - dcd A.1.1.1.2 28APR2019 449 516 - dcd A.1.1.1.2 28APR2019 593 51 - dcd D.1.1.1.1 28APR2019 671 32 - dcd D.1.1.1.1 28APR2019 937 36 - CHN-15/262 35/M/BLACK OR AFRICAN AMERICAN dcd B.1.1.1.1 26FEB2019 124 456 - \s\nACTARM: C: Combination - - —————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— - - Most Caused by Action - Extreme Study Outcome Treatment Taken - Center/Patients ID Age/Sex/Race Intensity Drug (1) for AE (2) - —————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— - BRA-11/9 40/M/ASIAN MILD No 5 No 2 - SEVERE Yes 1 No 6 - SEVERE Yes 1 No 6 - MILD No 5 Yes 2 - CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN SEVERE Yes 1 No 6 - MODERATE No 5 Yes 3 - MODERATE No 5 Yes 3 - SEVERE Yes 1 No 6 - SEVERE Yes 1 No 6 - CHN-15/262 35/M/BLACK OR AFRICAN AMERICAN SEVERE Yes 1 No 6 - \s\nACTARM: C: Combination - - ———————————————————————————————————————————————————————————————— - Reason - Classified - as Serious - Center/Patients ID Age/Sex/Race (3) - ———————————————————————————————————————————————————————————————— - BRA-11/9 40/M/ASIAN 3 - 1 - 1 - 3 - CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN 1 - 6 - 3 - 1 - 1 - CHN-15/262 35/M/BLACK OR AFRICAN AMERICAN 1 \s\nACTARM: B: Placebo ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— @@ -513,4 +459,58 @@ CHN-11/220 26/F/ASIAN 1 1 CHN-11/38 25/F/WHITE 5 + \s\nACTARM: C: Combination + + ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— + Date of + Adverse First Study Study AE + Event MedDRA Drug Day of Duration + Center/Patients ID Age/Sex/Race Preferred Term Administration Onset in Days + ————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— + BRA-11/9 40/M/ASIAN dcd B.2.2.3.1 25MAR2019 441 53 + dcd D.1.1.1.1 25MAR2019 445 598 + dcd B.1.1.1.1 25MAR2019 644 42 + dcd B.2.2.3.1 25MAR2019 669 100 + CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN dcd D.1.1.1.1 28APR2019 92 254 + dcd A.1.1.1.2 28APR2019 449 516 + dcd A.1.1.1.2 28APR2019 593 51 + dcd D.1.1.1.1 28APR2019 671 32 + dcd D.1.1.1.1 28APR2019 937 36 + CHN-15/262 35/M/BLACK OR AFRICAN AMERICAN dcd B.1.1.1.1 26FEB2019 124 456 + \s\nACTARM: C: Combination + + —————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— + + Most Caused by Action + Extreme Study Outcome Treatment Taken + Center/Patients ID Age/Sex/Race Intensity Drug (1) for AE (2) + —————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— + BRA-11/9 40/M/ASIAN MILD No 5 No 2 + SEVERE Yes 1 No 6 + SEVERE Yes 1 No 6 + MILD No 5 Yes 2 + CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN SEVERE Yes 1 No 6 + MODERATE No 5 Yes 3 + MODERATE No 5 Yes 3 + SEVERE Yes 1 No 6 + SEVERE Yes 1 No 6 + CHN-15/262 35/M/BLACK OR AFRICAN AMERICAN SEVERE Yes 1 No 6 + \s\nACTARM: C: Combination + + ———————————————————————————————————————————————————————————————— + Reason + Classified + as Serious + Center/Patients ID Age/Sex/Race (3) + ———————————————————————————————————————————————————————————————— + BRA-11/9 40/M/ASIAN 3 + 1 + 1 + 3 + CHN-1/64 34/F/BLACK OR AFRICAN AMERICAN 1 + 6 + 3 + 1 + 1 + CHN-15/262 35/M/BLACK OR AFRICAN AMERICAN 1