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<?php
//create_files_with_complementary_fields("arbresRemarquables","arbres-rem_all_bdtfx.csv","A2380F40-1496-20E0-E053-2614A8C06E36");
//create_files_with_complementary_fields("arbresTetards","arbres-tetards_all_bdtfx.csv","A2380F40-1495-20E0-E053-2614A8C06E36");
//create_files_with_complementary_fields("sauvagesDeMaRue","sauvages_all_bdtfx.csv","A2224CDB-4CBB-103B-E053-2614A8C04C7B");
//create_files("plantNet","cel_export_total_plantnet_taxref.csv","A2413E96-351B-0DE0-E053-2614A8C0C52B");
//create_files_with_complementary_fields("messicoles","messicoles_all_bdtfx.csv","A2413E96-3518-0DE0-E053-2614A8C0C52B");
//create_files_with_complementary_fields("missionsFlore","missions_flore.csv","A2413E96-3519-0DE0-E053-2614A8C0C52B");
//create_files("horsProgrammes","cel_export_hors-programmes.csv","A2224CDB-4CBA-103B-E053-2614A8C04C7B");
//create_files("streets","tb_streets.csv","1C303187-EA1C-967C-E063-0514A8C076CD");
create_files("lichensGo","lichens_go.csv","1C302094-B692-16B4-E063-0514A8C06B4D");
/**
* Crée les fichiers normées par programme sans champs complémentaires
* @param {String} $programme : nomDuProgramme
* @param {String} $nom_fichier : nom_du_fichier_export.csv
* @param {String} $id_jdd : uuid du jeu de de données (fiche INPN)
*/
function create_files($programme,$nom_fichier,$id_jdd){
$fichier = fopen($nom_fichier, "r");
$champs_file = file("champs_file.csv");
$array_evt = [];
$array_suj=[];
$array_descr =[];
$array_attribut=[];
$array_positions_evt=[];
$array_positions_suj=[];
$array_positions_descr=[];
$array_positions_attribut=[];
$array_noms_attribut=[];
$cpt =0;
if ($fichier) {
while (($line = fgets($fichier)) !== false) {
$parts= explode(";",$line);
if ($cpt ===0){
for($i=0;$i<count($parts);$i++){
$parts[$i]=str_replace('"','',$parts[$i]);
$parts[$i]=preg_replace("# {2,}#", "", preg_replace("#(\r\n|\n\r|\n|\r)#","",$parts[$i]));
$ligne_evt=["idSinpEvenement","idSInpJdd","identite","statutSource","anonymisation","dateExacte","dateImprecise","typeLocalisation","natureObjetGeo","nomLocalisation","transmissionPrecise","pente","exposition","X","Y","codeEPSG"];
$ligne_suj=["idSinpSujetObs","idSinpEvenement","statutObservation","nomCite","idOrigineSujetObs","cdNom"];
$ligne_descr=["idSinpSujetObs","idSinpDescriptif","etatBiologique","spontaneite","urlPreuveNumerique","objetDenombrement","methodeDenombrement","denombrementMin","denombrementMax","commentaireDescriptif"];
$ligne_attribut = ["idSinpEvenement","idSinpSujetObs","nomAttributAdd","defintionAttributAdd","valeurAttributAdd"];
if ($parts[$i]==="pseudo_utilisateur" OR $parts[$i] === "station" OR $parts[$i]==='latitude' OR $parts[$i]==='longitude' OR $parts[$i]==="date_observation"){
array_push($array_positions_evt,$i);
}else if($parts[$i] === "id_observation" OR $parts[$i] === "nom_ret" OR $parts[$i] === "cd_nom"){
array_push($array_positions_suj,$i);
}else if($parts[$i] === "commentaire" OR $parts[$i] === "abondance" OR $parts[$i] === "spontaneite" OR $parts[$i] === "images" ){
array_push($array_positions_descr,$i);
}else if($parts[$i] === "nom_sel_nn" OR $parts[$i] === "nom_referentiel" OR $parts[$i] === "certitude" OR $parts[$i] === "milieu"){
array_push($array_positions_attribut,$i);
array_push($array_noms_attribut,$parts[$i]);
}
}
array_push($array_evt,$ligne_evt);
array_push($array_suj,$ligne_suj);
array_push($array_descr,$ligne_descr);
array_push($array_attribut,$ligne_attribut);
}else{
$id_evt = guidv4();
$id_suj = guidv4();
for($i=0;$i<count($parts);$i++){
$parts[$i] = str_replace('"','',$parts[$i]);
$parts[$i]= preg_replace("# {2,}#", "", preg_replace("#(\r\n|\n\r|\n|\r)#","",$parts[$i]));
if (in_array($i,$array_positions_attribut)){
$ligne_arr_attribut = [];
$pos=array_search($i, $array_positions_attribut);
$nom_col = $array_noms_attribut[$pos];
array_push($ligne_arr_attribut,$id_evt);
array_push($ligne_arr_attribut,$id_suj);
array_push($ligne_arr_attribut,$nom_col);
foreach($champs_file as $ligne){
if (str_contains($ligne,$nom_col)){
$def = explode(";",$ligne)[1];
array_push($ligne_arr_attribut,$def);
}
}
array_push($ligne_arr_attribut,$parts[$i]);
array_push($array_attribut,$ligne_arr_attribut);
}
}
$pseudo = $parts[$array_positions_evt[0]];
$station = $parts[$array_positions_evt[1]];
$latitude = $parts[$array_positions_evt[2]];
$longitude = $parts[$array_positions_evt[3]];
$date = $parts[$array_positions_evt[4]];
$ligne_arr_evt = [];
array_push($ligne_arr_evt,$id_evt);
array_push($ligne_arr_evt,$id_jdd);
array_push($ligne_arr_evt,$pseudo);
array_push($ligne_arr_evt,"Te");
array_push($ligne_arr_evt,"false");
array_push($ligne_arr_evt,$date);
array_push($ligne_arr_evt,"false");
array_push($ligne_arr_evt,"5");
array_push($ligne_arr_evt,"St");
array_push($ligne_arr_evt,$station);
array_push($ligne_arr_evt,"true");
array_push($ligne_arr_evt,"");
array_push($ligne_arr_evt,"");
array_push($ligne_arr_evt,$latitude);
array_push($ligne_arr_evt,$longitude);
array_push($ligne_arr_evt,"4326");
array_push($array_evt,$ligne_arr_evt);
$idObs = $parts[$array_positions_suj[0]];
$nom = $parts[$array_positions_suj[1]];
$nom_req = str_replace(" × "," ",$nom);
$nom_req = str_replace(" ","%20",$nom_req);
$name=explode("[",$nom_req)[0];
$cdNom = $parts[$array_positions_suj[2]];
$url = "https://taxref.mnhn.fr/api/taxa/fuzzyMatch?term='$name'";
if ($cdNom === "NULL" AND !str_contains($name,"aceae")){
var_dump($url);
$curl = curl_init( $url );
curl_setopt($curl, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
$response = curl_exec( $curl );
curl_close( $curl );
$res=json_decode($response);
$cdNom = $res->_embedded->taxa[0]->referenceId;
}
$ligne_arr_suj=[];
array_push($ligne_arr_suj,$id_suj);
array_push($ligne_arr_suj,$id_evt);
array_push($ligne_arr_suj,2);
array_push($ligne_arr_suj,$nom);
array_push($ligne_arr_suj,$idObs);
array_push($ligne_arr_suj,$cdNom);
array_push($array_suj,$ligne_arr_suj);
$ligne_arr_descr=[];
array_push($ligne_arr_descr,$id_suj);
$id_descr = guidv4();
array_push($ligne_arr_descr,$id_descr);
$comm = $parts[$array_positions_descr[0]];
if (str_contains($comm,"mort")){
$etat = 3;
}else{
$etat = 1;
}
array_push($ligne_arr_descr,$etat);
$spontaneite = $parts[$array_positions_descr[2]];
array_push($ligne_arr_descr,$spontaneite);
$image = $parts[$array_positions_descr[3]];
array_push($ligne_arr_descr,$image);
array_push($ligne_arr_descr,"IND");
array_push($ligne_arr_descr,"Co");
$abondance = $parts[$array_positions_descr[1]];
array_push($ligne_arr_descr,$abondance);
array_push($ligne_arr_descr,$abondance);
array_push($ligne_arr_descr,$comm);
array_push($array_descr,$ligne_arr_descr);
}
$cpt++;
}
fclose($fichier);
$fp = fopen("Evenement_$programme.csv", 'wb');
foreach ($array_evt as $line) {
fputcsv($fp, $line,";");
}
fclose($fp);
$fp = fopen("SujetObservation_$programme.csv", 'wb');
foreach ($array_suj as $line) {
fputcsv($fp, $line,";");
}
fclose($fp);
$fp = fopen("DescriptifSujet_$programme.csv", 'wb');
foreach ($array_descr as $line) {
fputcsv($fp, $line,";");
}
fclose($fp);
$fp = fopen("AttributsAdditionnels_$programme.csv", 'wb');
foreach ($array_attribut as $line) {
fputcsv($fp, $line,";");
}
fclose($fp);
}
}
/**
* Crée les fichiers normées par programme avec champs complémentaires
* @param {String} $programme : nomDuProgramme
* @param {String} $nom_fichier : nom_du_fichier_export_csv
* @param {String} $id_jdd : uuid du jeu de de données (fiche INPN)
*/
function create_files_with_complementary_fields($programme,$nom_fichier,$id_jdd){
$fichier = fopen($nom_fichier, "r");
$champs_file = file("champs_file.csv");
$array_evt = [];
$array_suj=[];
$array_descr =[];
$array_attribut=[];
$array_positions_evt=[];
$array_positions_suj=[];
$array_positions_descr=[];
$array_positions_attribut=[];
$array_noms_champs_comp=[];
$array_noms_attribut=[];
$cpt =0;
$nb_columns=0;
if ($fichier) {
while (($line = fgets($fichier)) !== false) {
$parts= explode(";",$line);
if ($cpt ===0){
$parts= explode(";",$line);
$nb_columns = count($parts);
for($i=0;$i<count($parts);$i++){
$parts[$i]=str_replace('"','',$parts[$i]);
$parts[$i]=preg_replace("# {2,}#", "", preg_replace("#(\r\n|\n\r|\n|\r)#","",$parts[$i]));
$ligne_evt=["idSinpEvenement","idSInpJdd","identite","statutSource","anonymisation","dateExacte","dateImprecise","typeLocalisation","natureObjetGeo","nomLocalisation","transmissionPrecise","pente","exposition","X","Y","codeEPSG"];
$ligne_suj=["idSinpSujetObs","idSinpEvenement","statutObservation","nomCite","idOrigineSujetObs","cdNom"];
$ligne_descr=["idSinpSujetObs","idSinpDescriptif","etatBiologique","spontaneite","urlPreuveNumerique","objetDenombrement","methodeDenombrement","denombrementMin","denombrementMax","commentaireDescriptif"];
$ligne_attribut = ["idSinpEvenement","idSinpSujetObs","nomAttributAdd","defintionAttributAdd","valeurAttributAdd"];
if ($parts[$i]==="pseudo_utilisateur" OR $parts[$i] === "station" OR $parts[$i]==='latitude' OR $parts[$i]==='longitude' OR $parts[$i]==="date_observation"){
array_push($array_positions_evt,$i);
}else if($parts[$i] === "id_observation" OR $parts[$i] === "nom_ret" OR $parts[$i] === "cd_nom"){
array_push($array_positions_suj,$i);
}else if($parts[$i] === "commentaire" OR $parts[$i] === "abondance" OR $parts[$i] === "spontaneite" OR $parts[$i] === "images" ){
array_push($array_positions_descr,$i);
}else if($parts[$i] === "nom_sel_nn" OR $parts[$i] === "nom_referentiel" OR $parts[$i] === "certitude" OR $parts[$i] === "milieu"){
array_push($array_positions_attribut,$i);
array_push($array_noms_attribut,$parts[$i]);
}else if($i===count($parts)-1){
$array = explode(",",$parts[$i]);
foreach ($array as $item){
$item = str_replace($programme,"",$item);
if (!in_array($item,$array_noms_champs_comp)){
array_push($array_noms_champs_comp,$item);
}
}
}
}
array_push($array_evt,$ligne_evt);
array_push($array_suj,$ligne_suj);
array_push($array_descr,$ligne_descr);
array_push($array_attribut,$ligne_attribut);
}else{
$parts= explode(";",$line,$nb_columns);
$id_evt = guidv4();
$id_suj = guidv4();
for($i=0;$i<count($parts);$i++){
$parts[$i] = str_replace('"','',$parts[$i]);
$parts[$i]= preg_replace("# {2,}#", "", preg_replace("#(\r\n|\n\r|\n|\r)#","",$parts[$i]));
if (in_array($i,$array_positions_attribut)){
$ligne_arr_attribut = [];
$pos=array_search($i, $array_positions_attribut);
$nom_col = $array_noms_attribut[$pos];
array_push($ligne_arr_attribut,$id_evt);
array_push($ligne_arr_attribut,$id_suj);
array_push($ligne_arr_attribut,$nom_col);
foreach($champs_file as $ligne){
if (str_contains($ligne,$nom_col)){
$def = explode(";",$ligne)[1];
array_push($ligne_arr_attribut,$def);
}
}
array_push($ligne_arr_attribut,$parts[$i]);
array_push($array_attribut,$ligne_arr_attribut);
}else if($i === count($parts)- 1 AND !str_contains($parts[$i],"NULL")){
$parts[$i] = str_replace(", "," ",$parts[$i]);
$parts[$i] = replace_decimal_commas($parts[$i]);
$comp_arr = explode(",",$parts[$i]);
$array_noms_champs = [];
for($j=0;$j<count($array_noms_champs_comp);$j++){
if (isset($comp_arr[$j]) AND !empty($comp_arr[$j])){
$ligne_arr_attribut = [];
array_push($ligne_arr_attribut,$id_evt);
array_push($ligne_arr_attribut,$id_suj);
$champ = explode(":",$comp_arr[$j],2);
$nom_champ=$champ[0];
if (isset($champ[1])){
$valeur = $champ[1];
}else{
$valeur="";
}
$nom_champ = str_replace('"','',$nom_champ);
$nom_champ = str_replace("'","",$nom_champ);
$nom_champ = trim($nom_champ);
if (!in_array($nom_champ,$array_noms_champs)){
array_push($ligne_arr_attribut,$nom_champ);
foreach($champs_file as $ligne){
$line_parts=explode(";",$ligne);
$line_name=trim($line_parts[0]);
if ($line_name === $nom_champ){
$def = $line_parts[1];
array_push($array_noms_champs,$nom_champ);
array_push($ligne_arr_attribut,$def);
}
}
array_push($ligne_arr_attribut,$valeur);
array_push($array_attribut,$ligne_arr_attribut);
}
}
}
}
}
$pseudo = $parts[$array_positions_evt[0]];
$station = $parts[$array_positions_evt[1]];
$latitude = $parts[$array_positions_evt[2]];
$longitude = $parts[$array_positions_evt[3]];
$date = $parts[$array_positions_evt[4]];
$ligne_arr_evt = [];
array_push($ligne_arr_evt,$id_evt);
array_push($ligne_arr_evt,$id_jdd);
array_push($ligne_arr_evt,$pseudo);
array_push($ligne_arr_evt,"Te");
array_push($ligne_arr_evt,"false");
array_push($ligne_arr_evt,$date);
array_push($ligne_arr_evt,"false");
array_push($ligne_arr_evt,"5");
array_push($ligne_arr_evt,"St");
array_push($ligne_arr_evt,$station);
array_push($ligne_arr_evt,"true");
array_push($ligne_arr_evt,"");
array_push($ligne_arr_evt,"");
array_push($ligne_arr_evt,$latitude);
array_push($ligne_arr_evt,$longitude);
array_push($ligne_arr_evt,"4326");
array_push($array_evt,$ligne_arr_evt);
$idObs = $parts[$array_positions_suj[0]];
$nom = $parts[$array_positions_suj[1]];
$nom_req = str_replace(" × "," ",$nom);
$nom_req = str_replace(" ","%20",$nom_req);
$name=explode("[",$nom_req)[0];
$cdNom = $parts[$array_positions_suj[2]];
$url = "https://taxref.mnhn.fr/api/taxa/fuzzyMatch?term='$name'";
if ($cdNom === "NULL" AND !str_contains($name,"aceae")){
$curl = curl_init( $url );
curl_setopt($curl, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
$response = curl_exec( $curl );
curl_close( $curl );
$res=json_decode($response);
$cdNom = $res->_embedded->taxa[0]->referenceId;
}
$ligne_arr_suj=[];
array_push($ligne_arr_suj,$id_suj);
array_push($ligne_arr_suj,$id_evt);
array_push($ligne_arr_suj,2);
array_push($ligne_arr_suj,$nom);
array_push($ligne_arr_suj,$idObs);
array_push($ligne_arr_suj,$cdNom);
array_push($array_suj,$ligne_arr_suj);
$ligne_arr_descr=[];
array_push($ligne_arr_descr,$id_suj);
$id_descr = guidv4();
array_push($ligne_arr_descr,$id_descr);
$comm = $parts[$array_positions_descr[0]];
if (str_contains($comm,"mort")){
$etat = 3;
}else{
$etat = 1;
}
array_push($ligne_arr_descr,$etat);
$spontaneite = $parts[$array_positions_descr[2]];
array_push($ligne_arr_descr,$spontaneite);
$image = $parts[$array_positions_descr[3]];
array_push($ligne_arr_descr,$image);
array_push($ligne_arr_descr,"IND");
array_push($ligne_arr_descr,"Co");
$abondance = $parts[$array_positions_descr[1]];
array_push($ligne_arr_descr,$abondance);
array_push($ligne_arr_descr,$abondance);
array_push($ligne_arr_descr,$comm);
array_push($array_descr,$ligne_arr_descr);
}
$cpt++;
}
fclose($fichier);
$fp = fopen("Evenement_$programme.csv", 'wb');
foreach ($array_evt as $line) {
fputcsv($fp, $line,";");
}
fclose($fp);
$fp = fopen("SujetObservation_$programme.csv", 'wb');
foreach ($array_suj as $line) {
fputcsv($fp, $line,";");
}
fclose($fp);
$fp = fopen("DescriptifSujet_$programme.csv", 'wb');
foreach ($array_descr as $line) {
fputcsv($fp, $line,";");
}
fclose($fp);
$fp = fopen("AttributsAdditionnels_$programme.csv", 'wb');
foreach ($array_attribut as $line) {
fputcsv($fp, $line,";");
}
fclose($fp);
}
}
function guidv4($data = null) {
// Generate 16 bytes (128 bits) of random data or use the data passed into the function.
$data = $data ?? random_bytes(16);
assert(strlen($data) == 16);
// Set version to 0100
$data[6] = chr(ord($data[6]) & 0x0f | 0x40);
// Set bits 6-7 to 10
$data[8] = chr(ord($data[8]) & 0x3f | 0x80);
// Output the 36 character UUID.
return vsprintf('%s%s-%s-%s-%s-%s%s%s', str_split(bin2hex($data), 4));
}
function replace_decimal_commas($text) {
// Expression régulière pour trouver les nombres décimaux
$pattern = '/\b\d+,\d+\b/';
// Fonction de rappel pour remplacer la virgule par un point
$callback = function($matches) {
return str_replace(',', '.', $matches[0]);
};
// Utiliser preg_replace_callback pour appliquer la fonction de rappel aux nombres décimaux
return preg_replace_callback($pattern, $callback, $text);
}