OpenMM code for refinement molecular dynamics simulation.

This code has been used for CASP16 (2024) DeepFold-refinement.

코드에서 고쳐야할것/ 포함해야할것/ 포함하면 좋을것들

1. 에너지항을 개별적으로 출력하기 하여 Restraint로 포함시킨 에너지항이 제대로 들어갔는지 확인
2. 이걸로부터 각각 에너지에 대해서 weight가 적당한지 벤치마크.
3. 자동화: {SSBOND, restraint.txt, restraint, restraints.chis.v2} 만드는것
4. pdb file 저장시 CASP template 대로 (유제중 교수님께서 코드를 만들어서 필요없을지도.)